新冠肺炎疫情爆發後，在疫情最緊繃之際，朱家祥帶領衛生局規劃開設熱區篩檢站，從篩檢動線、流程至檢驗試劑緊急採購，攜手花蓮縣各醫院、醫師公會、診所協會、護理師公會、醫檢師公會、校護協會等公協會及衛生局所所有同仁，同時號召退休人員加入前線篩檢行列。在十三鄉鎮衛生所、疫情熱區、火車站、果菜市場、中華國小等地設置社區篩檢站，讓民眾及業者就近進行篩檢。

因應花蓮確診數急速上升，考量保全醫院量能投入中重症確診者醫療，朱家祥號召全縣基層診所醫師積極投入社區防疫工作，大型設站篩檢、疫苗施打等，並於111年4月14日居全國第一步啟動，迅速整合基層診所提供確診者居家照護服務，讓每一個確診者會有一個專責醫生，負責確診者初次的醫療及風險評估、開立抗病毒藥物及症狀藥物、居隔期間關懷追蹤、諮詢、轉介後送醫院等，診所醫師於第一時間回饋居家確診者緊急狀況。

為防疫情擴散，藉由視訊無界限的方式，提供花東廣闊區域的居家照護者醫療資源，讓分級醫療及遠距醫療在疫情中達到保全醫院中重度醫療量能及提供居家確診者近便性醫療的最佳利器，花蓮投入之診所達九十二家，佔全縣視訊診察診所94%。中央也採用花蓮模式與朱局長建議，規劃發展出全國居家照護方式。

同時花蓮也是全台優先成立地方版加強型防疫飯店，當時因花蓮疫情升溫，醫院專責病床無法負荷確診個案需求，花蓮立即協調在地飯店及醫療資源，111年40月11日啟動地方版加強型防疫飯店收治輕症確診者，前後分別由部立花蓮醫院、慈濟醫院醫護團隊進駐守護確診者，並與醫院間開啟綠色通道，針對需要後送就醫處置者簡化流程，一般醫療需求則借重遠距看診方式，提供確診者各專科醫療看診需求。