花東線玉里至富里路段，包括新秀姑巒溪橋十五跨橋梁、樂樂溪橋八座橋墩、二處車站月台（含雨棚）及沿線軌道、電訊、號誌、電力設備，均受到九一八地震災損。其中最嚴重的新秀姑巒溪橋，因橋面版位移大，復舊不易，搶修工程採用國內軌道首次使用之油壓頂昇、橫移及復位工法，最為特殊。

臺鐵局表示，執行初期地震及豪雨不斷，發生數次鋼筋混凝土支承座及重型支撐架被洪水沖走之情事，工程進度推展不開。經臺鐵局與搶修工程團隊精研、改進工法，並在行政院公共工程委員會與交通部指導下，併運用修改河道、增加工作面與工時等方式，縮短工程進度。

新秀姑巒溪橋第十五跨，也就是最後一跨，已於十一月十九日完成調整落座，橋梁將可恢復原設計強度，通車初期將以六十公里為速限。交通部長王國材十一月廿一日親自聽取臺鐵局長杜微簡報花東線搶修進度，詳細了解搶修要徑計畫及未來軌道、號誌、電訊、電力等復舊工程後，裁示在安全無虞下，戮力於十二月廿八日提前通車。

目前除了玉里以北、富里以南的各級列車恢復正常行駛，中斷路線以公路客運依火車行駛時刻開行接駁往返。搶修工程進入最後一哩路，臺鐵局指出，目前進度已達百分之九十七、東里站修復進度亦已達百分之九十五，目前正在進行聯合檢查項目改善及壓力測試。廿八日恢復通車後，臺鐵局將持續辦理監測確保安全，同時依據新的橋梁耐震設計規範，進行耐震評估及補強。

廿八日通車後的南下首班車，為上午五時五十分由玉里站為起點開行的四五○八次區間車，預計六時十分停靠富里站，並於七時十二分抵達終點臺東站；北上首班車則為上午五時廿分由臺東站開行的四五○七次區間車，約於六時廿八分抵達富里站，並於六時四十九分抵達終點玉里站。

臺鐵局亦已於十一月卅日起恢復臺北至臺東十二月廿八日後列車訂票，並於十二月二日開放一一二年元旦假期疏運訂票服務。根據臺鐵局統計元旦連假的訂票概況，截至十二月二日上午九時，臺北往花蓮、臺東方向，以及臺東、花蓮往臺北方向的尖峰時段長途自強號座位皆已完售。