交通部表示，南方澳大橋斷裂後，為恢復當地交通順暢並重振南方澳漁港往日風采，交通部責成公路總局蘇花公路改善工程處辦理大橋重建工程，開工後歷經二年多來施工人員日以繼夜，全力以赴，克服困難下，順利完工通車。

新橋於一○九年七月十六日開工，一一一年五月二十七日下午澆置P7墩柱第14節塊混凝土時，因西側懸臂工作車千斤頂下支撐墊塊變形滑脫，導致節塊發生沉陷情形，雖經施工團隊極力搶救，惟因模板沉陷時，P7墩柱第14節塊已達混凝土初凝階段，為維護工程品質及橋梁安全，並考量隱蔽部分無法百分之百驗證其結構安全性、外觀平整度及耐久性等因素，且南方澳跨港大橋為國人期待之重要地標，蘇花公路改善工程處認為應以最高品質標準重建，經與臺灣港務股份有限公司、交通部公路總局及工程團隊檢討後，雖然通車承諾期限在即，仍用負責態度以拆除重作方向前進。原定九月十八日通車也因此延後，以確保新橋可使用百年安全無慮。

針對橋梁安全部分，除了能夠達到耐久年限一百年的抗腐蝕與耐震等設計，在造型美觀方面以當地最重要的鯖魚漁產，設定「鯖浪奇緣」主題，採用鯖魚意象的特殊橋梁造型，夜間搭配觀景藝術光調系統，並且設置人行景觀觀景平台，配合周邊道路形成一個環狀道路系統，除了提升生活便利性及地區觀光發展，更是顯眼的地標。

交通部指出，南方澳大橋財產權屬為交通部航港局，航港局已依商港法第十條規定與台灣港務公司簽訂國際商港區域內公共基礎設施興建維護委託辦理契約書，後續將由港務公司負責大橋維護管養作業。

交通部表示，為使南方澳大橋移交順利，已責成公路總局與港務公司建立聯繫窗口，以利後續相關橋梁維護管養工作啟動交接程序。